בית הכנסת נקרא על שם רבי יצחק אבוהב שנחשב ל”אחרון גאוני קסטיליה”. בית הכנסת הוא הגדול והמפואר שבבתי הכנסת בעיר העתיקה, בית הכנסת נחרב ברעש האדמה החזקה למעט הקיר הדרומי הפונה לירושלים ובו 3 ארונות קודש. ספר תורה עתיק יומין המיוחס לרבי יצחק אבוהב נמצא בארון קודש ובו קוראים בתורה שלוש פעמים בשנה- ביום כיפור, שבועות וראש השנה. ככל הנראה הוא ספר התורה העתיק ביותר שעדיין קוראים בו.